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（一）办公室
协助局领导处理日常工作，负责局机关的秘书、督办、档案、信访、保密工作；协调机关政务，负责文电、新闻宣传、接待事宜；研究拟订海洋与渔业管理办法，组织有关综合性报告、文件的起草；指导海洋与渔业执法监督检查，办理有关行政复议事宜；负责局机关的政务信息工作。
负责局机关和指导直属单位的人事、职称、劳动工资等工作。
负责局机关和指导直属单位的监察、纪检、党群、审计工作。
（二） 计划财务科
管理局各项资金，负责局机关和指导直属单位的财务工作，负责全市渔业系统企业年报统计工作，负责系统的产业信息。
（三）海域管理科
负责辖区及毗邻海域行政区域的勘定工作；编制海洋功能区划和海域开发利用总体规划；对项目用海进行审核与审批，负责海洋开发的综合管理和协调；组织监视海洋设施建造、海底工程和其他开发活动；审核并监督海底电缆、管道的铺设；指导海域使用权的流转工作；负责无居民海岛保护与利用的管理工作。
（四）资源环境管理科
组织海洋与渔业水域资源及环境的调查、监测、监视和评价；组织监测海洋生态环境污染损害的情况，协助有关部门拟订污染物排海标准和总量控制制度并组织实施；组织选划海洋与渔业自然保护区和特别保护区；组织海洋环境监测监视、灾害预报预警；主管渔业资源护养增殖和水生野生动物保护工作；协助落实伏季休渔制度。
（五）渔业科
管理海水和淡水养殖、捕捞渔业工作，负责收集渔场信息和渔具渔法的监督管理；负责海洋与渔业经济中、长期发展规划的制订；组织指导海洋捕捞和养殖业的产业结构、作业布局调整；提出海洋捕捞和养殖业的产业政策建议、技术进步措施并组织实施；负责监督实施渔业捕捞和种苗生产许可证制度；指导、协调开发外海和远洋渔业工作；负责系统的全市渔业生产年报统计；负责水产品加工与流通，水产品市场规划和建设。
拟订海洋与渔业科技发展规划、措施；组织协调有关科研项目的遴选和实施；负责科技成果材料的审核、推荐、上报；负责海洋与渔业的外事、外经工作，协助有关部门处理有关涉外事务；办理审核水产种苗引进和国际金融组织贷款项目的有关业务。
（六） 广东省渔政总队江门支队
负责全市渔政、海洋监察和渔船渔港监督执法队伍的管理和建设；依照国家和省的法律、法规的授权，负责全市的海洋监察和渔政管理以及渔船、渔港、渔业船员的监督管理工作的实施；依法地渔业船舶及其产品进行检验、监督；具体组织实施伏季休渔制度。 | 
