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市环保局设6个职能科（室）。
（一）办公室
组织协调局机关日常工作；承担文电、秘书、财务、保卫、保密、档案、政务信息、办公自动化、政务公开、督查督办等机关行政事务性工作；负责综合性会议的组织工作；组织、指导、协调环境保护信访、新闻发布、宣传教育工作；负责重大环境污染事故和跨区域环境污染纠纷情况的通报、联络、协调工作；负责对外合作交流工作；负责局机关国有资产登记管理工作；负责局机关及指导直属单位的人事、劳资、机构编制、计划生育等工作；协助管理各市、区环境保护行政主管部门的领导干部；指导环境保护队伍建设，负责环境保护系统在职人员的岗位培训和继续教育工作；负责国家和省环境保护先进单位的推荐工作；负责退休干部管理工作；协助对环境保护专业技术人员进行职称评定和关键岗位人员的资格管理工作；负责局机关和直属单位的思想政治工作和纪检、监察、党群工作；对局和直属单位的重大采购和有关建设项目的招投标实行监督；负责组织审计工作和局环保专项资金绩效评价工作；承办上级交办的其他工作。
（二）政策法规科
组织实施水污染防治和水质保护、自然生态保护的法律、法规、规章、标准和政策；组织实施大气、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治法律、法规、规章和政策；负责审查环保行政处罚决定草案。组织环境保护政策的调研和制定,草拟本市环境保护规范性文件；组织办理人大建议、政协提案；归口管理依法行政和执法责任制工作；办理行政听证、行政复议和行政应诉工作；组织对各市（区）、各部门贯彻执行国家和省环境保护法律法规的情况进行检查；组织环保普法工作，负责指导环保政策、法律、法规培训教育工作；承担环境保护法律、环境科学的宣传教育工作，指导中小学环境保护知识教育工作；组织开展“绿色学校”、“绿色社区”创建活动，负责环境保护社会监督工作，推动公众和非政府组织参与环境保护；组织协调环保新闻网络，统一对外发布环境信息；负责企业守法证明工作，负责企业申办或申报ISO14000环境管理体系认证、国家或省名牌产品、国家或省著名商标、企业办理银行贷款时需要环保部门出具的证明文件、生皮加工企业申请生皮进口的环保核查的协助办理（配合省环保局）、企业申请上市的环保核查的协助办理（配合省环保局）、企业或企业负责人参加“评优选先”活动的环保意见等；承办上级交办的其他工作。
（三）环境影响评价管理科
拟定和组织实施环境影响评价、“三同时”等环境管理制度、法律、法规、规章和政策；负责本市权限内的建设项目及省委托的建设项目的环境影响评价文件的审批；办理建设项目试生产环境保护核准，组织建设项目竣工环境保护验收；受上级委托组织对重大经济和技术政策、发展规划及重大经济开发计划的环境影响评价进行审查；负责本市建设项目环境影响评价机构的日常监督考核；组织实施企业环境行为公开制度和环境违法行为有奖举报制度，指导、组织环境友好企业的创建活动；拟定主要污染源排放增长控制方案并组织实施；负责环境保护相关资质（资格）管理工作；组织协调环境保护科学研究和技术引进，受上级委托组织重大技术攻关和技术示范工程；管理环境科技成果；指导和推动环境保护产业发展；负责推进强制性清洁生产审核工作的实施；协助有关部门推动循环经济和清洁生产；承办上级交办的其他工作。
（四）污染控制与生态保护科
负责组织实施城市环境综合整治，参与拟定环境保护基础设施和其他环境污染综合治理项目的建设计划；核定全市主要污染物排放总量,拟定并落实主要污染物削减方案和控制目标；组织拟定并实施水、土壤的污染防治专项规划、计划、方案及规范性行政措施等；负责酸雨控制区、二氧化硫控制区的管理；负责烟尘控制区、噪声达标区的建设和达标管理；协助有关部门监督淘汰污染严重的落后生产工艺和设备；负责组织开展排污口规范化整治，组织建设和管理污染源在线监控系统；负责拟退役或关闭的固体废物集中处置设施、场所的审批；负责限制进口类可用作原料废物的初审；负责污染源的排污许可证的核发管理和防治污染设施拆除或闲置的审批工作；负责固体废物和危险废物（含医疗废物）污染防治管理工作，协助省环保局管理危险废物经营许可证、严控废物处理许可证，负责危险废物转移联单管理；负责对市级环境保护专项资金的使用申请进行审查，并对其使用情况进行监督检查；负责机动车排气污染防治监督管理工作。
负责组织编制全市环境保护规划和生态市建设规划，组织拟定并实施全市和市区环境保护五年规划和年度计划；组织拟定全市环境（生态）功能区划；参与编制全市国民经济与社会发展规划与计划、国土整治规划和生态建设规划；组织审查城镇总体规划中的环境保护内容；会同有关部门编制自然保护区规划，拟定生物多样性保护计划；负责组织国家环境保护模范城市的综合管理和复核，组织开展创建生态市活动；指导各市、区开展全国环境优美乡镇、省生态示范区的创建活动；组织环境保护责任考核,指导、监督各市、区的环境保护目标责任制工作；参与自然资源和污染损失核算工作；督促、跟进《江门市治污保洁工程》的实施；监督、跟进《江门市水环境综合整治责任书》的实施；组织落实《潭江水资源保护责任书》，管理潭江水资源保护专项资金；负责落实全市饮用水源保护工作；负责组织市级自然保护区评审工作，负责因教学科研进入自然保护区的审批；指导、协调和监督农村生态环境保护、矿区复绿、生态破坏恢复整治、野生动植物保护以及湿地、自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；指导生物技术环境安全和有机食品认证；负责环境保护统计及综合分析工作；组织建设和管理环境监测网和环境信息网；组织发布环境状况公报和环境统计公报；承办上级交办的其他工作。
（五）环境监察科（加挂江门市环境保护局环境监察分局牌子）
负责指导、监督、协调下级环境保护综合行政执法工作；依法对辖区内排污单位执行有关环境保护法律法规的情况进行监督检查，对环境违法案件进行立案调查取证、告知、草拟行政处罚决定；负责市区和跨县（市、区）的环境污染事故和纠纷以及信访案件的调查和处理；负责对管理权限内或省环保局委托的建设项目执行环境影响评价制度和环境保护“三同时”制度情况、污染治理设施运行情况以及限期改正、限期治理项目完成治理情况进行监督检查，实施行政处罚、行政强制；参与重大突发环境事故应急相关工作；对全市环境执法情况进行稽查；负责排污申报核定及排污费的征收工作；承办上级交办的其他工作。
（六）辐射环境管理科
执行国家和省的核事故应急和预防管理方面的法律、法规、政策；负责核事故预防和应急的有关工作；参与调解核事故应急及预防的纠纷和民用核设施核事故调查处理；审查民用核设施、核事故预防方案并督促检查落实；建立核设施安全及生产运行数据库和监督网络；参与核事故应急演习，参与反核恐怖袭击的工作;组织实施放射源安全的法律、法规、政策和技术标准；监督管理辐射环境污染防治工作；负责放射源的统一监管；协助省环保局对电磁辐射项目及放射源电离辐射项目环境影响评价报告和防护设施验收申请的审批；参与组织辐射污染事故调查处理；协助省环保局对辐射防护安全监督员的资格管理和从事辐射关键岗位人员的资格管理；承办上级交办的其他工作。
四、派出机构
江门市环境保护局蓬江分局、江海分局（正科级），其主要职责如下：
组织实施水、大气、土壤、固体废物、环境噪声、有毒化学品等的污染防治及自然生态保护的政策、法律、法规和标准；组织拟定并实施辖区环境保护五年规划和年度计划，参与辖区环境与发展综合决策工作；负责辖区内饮用水源保护工作；负责落实辖区内主要污染物排放总量控制计划；组织实施建设项目环境保护管理的政策、法律、法规和标准；负责审批权限内的建设项目环境影响评价文件（环境影响报告表、环境影响登记表）的审批、建设项目环境保护设施的试运行核准和建设项目竣工环境保护验收；负责辖区内城市噪声敏感建筑物集中区域内夜间连续施工作业的审批；负责办理辖区人大建议、政协提案；协助推动循环经济，组织推行清洁生产工作；协助拟定辖区环境（生态）功能区划；组织实施辖区内环境污染综合整治工作；协助开展辖区生态保护与建设工作，指导、协调辖区农村生态环境保护工作；协助开展辖区环境保护责任考核和环境统计；协助开展辖区内烟尘控制区、噪声达标区的建设和达标管理；协助开展辖区内环保宣传教育工作；指导、协调、监督辖区内各镇（街道）环境保护机构的日常工作；承办上级交办的其他工作。 | 
