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1、办公室。负责协助局领导组织机关日常工作，对各科室的工作进行综合协调；负责重大会议的组织、政务信息、文秘、档案、保密、保卫、宣传、信访和计划生育等行政事务工作。
2、计划财务科。负责拟定水利水电中长期发展规划、年度安排计划；协助大中型水利水电工程可行性研究报告的立项、审核和申报；组织对水利水电基建项目工程的竣工验收；负责综合统计、行业财务管理、审计监督和资产管理工作；监督水资源费、水费、堤防费的征收和使用工作。
3、水政科。负责执行水利的政策、法律、法规和政策性文件的起草工作；负责水利行政复议和水利执法监督工作；实施取水许可证制度，协调处理水事纠纷。
4、工程管理科。负责河道、水库、湖泊等水域及其岸线、堤防、河口、滩涂以及水利工程的管理和保护工作；对江、海堤围和水利工程的防洪安全进行行业管理，对水库大坝安全实施监督管理。
5、基建农水科。负责组织、协调大中型水利水电工程建设，对水利工程建设进行行业管理；负责组织大中型水利工程可行性研究报告、立项申报的审核；组织水利建设项目的报建、开工审批及工程后评价；监督指导工程招投标、建设监理和工程质量；负责水土保持工作和组织水土保持重点治理工作，协调水土流失综合治理；指导水利水电基层组织的队伍建设；负责农田水利、乡镇供水、人畜饮水建设；负责水资源统一管理和保护工作，拟定水长期供求及其水量分配计划和江河流域综合规划；负责节约用水、城市地表水供水源规划和水资源的调查评价工作。
6、机电科。负责水利系统开发建设的水电站、电网、机电排灌站新建、扩建、改建工程的审查、管理，归口管理农村小水电站和小电网。
7、科技教育科。负责拟定并组织实施水利科学技术和教育发展规划；负责职工培训，组织科技成果推广应用，归口管理计量、标准化工作。
8、人事科（挂监察科牌子）。负责局机关并组织指导直属单位的机构编制、人事、离退休干部管理、行业劳动工资、劳动保护和社会保险工作；归口管理安全生产；组织专业技术职务的评聘工作；负责局机关和指导直属单位的党务、统战、监察、纪检、组织、工、青、妇等工作，查处违法违纪案件，受理控告、申述和举报。
9、三防办公室。市防汛、防旱、防风指挥部办公室挂靠市水利局，主要负责市防汛、防旱、防风指挥部的日常工作。
10、水库移民办公室。市水库移民工作领导小组办公室挂靠市水利局，负责协调、管理全市的水库移民有关工作。
二、局直属单位
1、江门市锦江水库工程管理处（地址：恩平市大田镇）。
2、江门市合山水利工程管理处（地址：开平市蚬冈镇）。
3、江门市江新联围工程管理处。
4、江门市江新联围北街水闸工程管理所。
5、江门市水利水电工程质量监督站。
6、江门市水政水资源管理所。
7、江门市水资源开发利用管理中心。 | 
