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内设6个职能科室：办公室、计划科、科技成果科、专利科、地震科、高新技术科。生产力促进中心、江门市科学馆、江门市科技进修学院是下属事业单位；江门市科学技术协会是挂靠单位。
（一）办公室
协调机关日常工作，负责有关文件起草、调研、文电、保密、督办、信访、信息、提案（议案）、档案管理和机关财务、资产管理、审计，会同有关部门做好科技资金划拨；负责机关和指导直属单位的人事、干部、监察、纪检、党群及会议、接待等行政事务工作；牵头组织拟订科普计划；承办市科技领导小组交办的工作。
（二）计划科
组织研究科技发展战略，会同有关部门编制科技发展中长期规划；组织实施社会发展方面的科技攻关计划、管理跨地区、跨行业的重大科技项目；组织工程技术研究开发中心的认定、跟踪管理；会同有关部门研究制订增加科技投入的措施并组织落实；负责各类科技计划协调、综合平衡和提出科技经费配置的建议，管理监督资金的使用；负责组织科技统计；承办基础研究的有关工作。
（三）科技成果科
贯彻促进科技成果转化的有关法规政策措施，负责科技成果评价、登记、科技奖励、技术保密、技术出口和对外科技交流、技术市场管理等工作；组织实施农业科技攻关计划、科技成果重点推广计划、重点新产品计划、星火计划；负责星火技术密集区、星火龙头企业的申报、跟踪管理；指导科技成果信息库建设和农业技术创新工作。
（四）专利科
贯彻执行专利的法律法规和方针政策，负责专利执法工作，依法处理专利纠纷和查处冒充专利行为，指导专利中介机构和企业的专利工作；负责有关知识产权宣传与培训；协调涉外知识产权事宜；负责专利进出口、评估、质押等有关经营活动中专利管理；负责行政复议。
（五）地震科（挂市地震办公室、市防震抗震救灾工作领导小组办公室牌子）
贯彻执行防震减灾工作方针政策法规；拟定防震减灾事业发展规划；管理地震监测预报，提出年度或阶段性地震趋势预报意见，拟定破坏性地震应急预案、综合防御措施；管理地震烈度区划和震害预测；会同有关部门审批重点设施抗震设防；开展防震减灾宣传教育；发生严重破坏性地震时，成为市政府指挥抗震救灾的办事机构。
（六）高新技术科
研究提出高新技术发展及产业化的政策措施、规划、实施方案；组织实施工业领域重大科技攻关计划以及火炬计划等重大高新技术产业化项目；承担对高新技术产业开发区的业务指导及有关工作；实施促进高新技术企业发展的政策措施；做好高新技术企业推荐申报工作；协助组织电子信息化项目的申报和管理；参与技术创新工程和信息化试点计划的组织实施。
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