答:办理企业近三年无发生重大生产安全事故的证明文件流程:应由企业向应急管理部门递交相关公函,并提交企业近三年(继存期内)的营业执照复印件、安全生产工作总结,应急管理部门在收到公函和相关材料后,经核查相关资料出具相关文件。